Il secondo dei tre lungometraggi dedicati a Madoka Magica. Il film riassume gli ultimi quattro episodi della serie da cui è tratta. La storia prosegue dal punto in cui si era interrotta con il primo film, quindi dalla rivelazione, da parte di Kyubei, del vero motivo per cui vengono reclutate le maghe e dall'apparizione della strega Oktavia von Seckendorff.