La storia si incentra su Iroha Tamaki e il suo tentativo di salvare la sorellina Ui da una terribile malattia. Così arriva a Kamihama, una città che attrae le maghette che però combattono con nuovi poteri presi da delle streghe. Anche Homura Akemi arriva in città: "Se riesco a capire il mistero di questa città forse riuscirò a salvare Kaname".